سیّد عیسی طباطبایی فرزند سیّد علی‌اصغر در سال ۱۳۲۲ ش بدنیا آمد. جد پدری وی سیّد محمد از سادات طباطبایی، و مادر بزرگ پدری وی از خاندان درویشی روستای قادرآباد دامغان بودند.
پدرش مرحوم حجت‌الاسلام سیّد علی‌اصغر طباطبایی متولّد روستای قادرآباد دامغان برای تحصیل علوم دینی به نجف رفت و از شاگردان، ملازمان و خواص مرجع عالم تشیع حضرت آیت‌الله سید ابوالحسن اصفهانی قرار گرفت اما در سن ۲۸ سالگی از دنیا رفت و سیّد عیسی چند روزی بعد از رحلت پدر در نجف اشرف به دنیا آمد.
سیّد عیسی تا سن ۴ سالگی نزد مادر در نجف بود تا این که به همراه خواهرش، توسط عمه و عمویشان سید علی‌اکبر طباطبایی به روستای زرین‌آباد دامغان منتقل شد.
دوران ابتدایی را در روستای زرین‌آباد و مهماندوست به پایان رساند و در سال ۱۳۳۷ش وارد حوزه علمیه دامغان گردید و دروس مقدمات را در مدرسه حاج فتحعلی بیک نزد حضرات استادان: مرحوم خدایی و مرحوم حاج سیّد مسیح شاهچراغی تحصیل نمود. پس از آن به حوزه علمیه قم و بعد به مدت ۲ سال در حوزه علمیه کرمانشاه زیر نظر مرحوم آیت‌الله امام سدهی اصفهانی،آیت‌الله خلیلی کرمانشاهی و استاد امینی شاهرودی به تحصیل پرداخت.
در سال ۱۳۴۱ش درجریان مقابله با فعالیتهای فرقه ضاله بهاییت و به جرم همکاری با فدائیان اسلام تحت تعقیب قرار گرفت و به صورت مخفیانه توسط فدائیان اسلام به نجف اشرف منتقل و به شهید آیت‌الله سید اسد‌الله مدنی معرفی شد.
سالهای ۱۳۴۱ تا ۱۳۴۶ ه.ش نزد آیات عظام مدنی، راستی کاشانی و مدرس افغانی دروس ادبیات، منطق، فقه، اصول و تفسیر را در نجف کسب فیض نمود.
او از طریق آیت‌الله مدنی با امام خمینی(ره) آشنا شد و شیفته شخصیت علمی و معنوی ایشان قرار گرفت.
طباطبایی در سال ۱۳۴۷ ش برای معالجه به لبنان سفر کرد و در آنجا با امام موسی صدر آشنا و همراه شد. او در شهر صور دروس رسائل، مکاسب، تاریخ، فلسفه و کلام را نزد امام موسی صدر و شیخ هاشم فرا گرفت و مسئولیت دانشسرای پژوهش‌های اسلامی شهر صور را از سوی امام موسی صدر پذیرفت که شهید سیّد عباس موسوی دبیرکل سابق حزب‌الله از شاگردان حجت‌الاسلام طباطبایی در این دانشسرا بوده است.
در سال ۱۳۵۰ش جهت تشکیل خانواده، به عراق عزیمت نمود و در درس خارج فقه و اصول حضرت امام خمینی و شهید سید محمدباقر صدر شرکت نمود.
بعد از بازگشت به نجف تعدادی از شاگردان مستعد خود در صور از جمله شهید سیّد عباس موسوی را برای ادامه تحصیل به نجف فراخواند.
در عراق به جرم همکاری با لبنان‌ها و فلسطین‌ها، همکاری با امام موسی صدر و نیز واهمه حزب بعث از رژیم شاه و دستگاه ساواک، توسط رژیم عراق بصورت غیابی محکوم به اعدام و به لبنان پناهنده شد.
پس از بازگشت به لبنان، مسئولیت مدرسه علمیه شهر صور را بعهده گرفت و در فاصله سالهای ۱۳۵۵ تا ۱۳۵۷ درمدارس علمیه زینبیه سوریه و نیز مدرسه شهید شیرازی در بیروت به تدریس مشغول شد. او طلاب را با امام خمینی آشنا کرد و به پخش اطلاعیه‌های امام خمینی مبادرت ورزید.
در پاییز ۱۳۵۷ش به منظور دیدار با امام خمینی به فرانسه رفت و در کنار امام ماند و با پرواز انقلاب بعد ۱۸ سال به ایران وارد شد. وی از طرف امام خمینی(ره) مامور شد تا در لبنان بماند و به اوضاع اجتماعی شیعیان این کشور و فلسطینی‌ها رسیدگی کند.
در تسخیر لانه جاسوسی آمریکا در تهران نیز حضورداشت و با شروع جنگ تحمیلی عراق طی چند مرحله در مناطق عملیاتی حضور پیدا کرد. آغاز جنگ که مصادف با موسم حج بود، این عالم مجاهد به جای سفر به حج که عادت همه ساله‌اش بود، به جبهه رفت و در جلوی دوربین با معرفی جبهه به منا و عرفات و حج واقعی، طلاب و روحانیون را به حضور در جبهه دعوت کرد. قسمت‌هایی از مصاحبه با او و تصاویر وی که در حال تیر‌اندازی از پشت خاکریز و با لباس رزم و عمامه هست در سری اول برنامه روایت فتح آمده است.
در سال ۱۹۸۷ میلادی برابر با سال ۱۳۶۵ ش در جریان جنگ‌های داخلی لبنان با وساطت خود و به نمایندگی از حضرت امام، محاصره هفتاد روزه را به جان خرید و با تحمل تشنگی و گرسنگی و مصیبت کشتارهای گروهی از زنان و خردسالان تا مرز شهادت پیش رفت و با این کار خود باعث نجات جان صدها تن از مسلمانان بی‌گناه و جلوگیری از فتنه مذهبی در جنگ بین فلسطینی‌ها و لبنانی‌ها شد.
در تاسیس حزب‌الله نقش فعال داشته و بعد از شکل‌گیری حزب‌الله، پایگاه نظامی حزب‌الله تا دو سال در منزل ایشان مستقر بوده است.
در طول سالیان ایستادگی و مقاومت، ۴ بار منزل ایشان مورد هدف اسرائیلی‌ها قرار گرفت و یکبار نیز ماشین ایشان را منفجر کردند.
این روحانی مبارز علاوه بر منشا خدمات وسیع به اقشار مختلف جامعه لبنان به ویژه شیعیان، از پایه‌گزاران حزب‌الله و موسسات گسترده آن به شمار می‌آید.
برخی از فعالیت‌ها و مسئولیت‌ها:
۱. نماینده امام موسی صدر در جنوب لبنان؛
۲. برگزاری دوره‌های نظامی با همکاری عرفات،
۳. مسئولیت شاخه نظامی حزب امل در منطقه جنوب به مدت ۵ سال با همکاری با دکتر چمران؛
۴. وکیل و نماینده امام خمینی رحمت الله علیه و امام خامنه‌ای مدظله العالی در لبنان،
۵. تاسیس و راه‌اندازی: شبکه تلویزیونی المنار حزب‌الله، بنیاد شهید لبنان و سوریه، کمیته امداد امام خمینی، بنیاد جانبازان، بانک و صندوق قرض‌الحسنه حزب‌الله با بیش از ۳۰ شعبه، موسسات فرهنگی امام خمینی با بیش از ۲۵ شعبه
۶. احداث بیمارستان در نقاط مختلف، حفر ۷۰ حلقه چاه عمیق در مناطق محروم، ساخت حدود ۶۰ حسینه و مسجد، ساخت حوزه‌های علمیه، مرکز فرهنگی ایرانیان
۷. راه‌اندازی ماهنامه فرهنگی اجتماعی دارالسلام ویژه ایرانیان مقیم لبنان
۸. احداث حرم با شکوه سیدخوله بنت‌الحسین در بعلبک و ده‌ها پروژه عام‌المنفعه دیگر در شهرها و روستاهای مختلف لبنان.
